Die BLN wird von einem ehrenamtlichen tätigen Vorstand geleitet, dem Vertreter*innen der Mitgliedsverbände angehören.
1. Vorsitzende: Andrea Gerbode (BUND)
2. Vorsitzende: Ulrike Kielhorn (NABU)
Tilmann Heuser (BUND)
Uwe Hiksch (Naturfreunde)
Imke Wardenburg (NABU)
Lena Assmann (Grüne Liga)
Gert Schoppa (Landesverband Berlin der Gartenfreunde)
Angela von Lührte (Botanischer Verein von Berlin und Brandenburg)
Den Vorsitz hatte von Juli 1994 bis 2002 Jens Redlich von der GRÜNEn LIGA Berlin, von 2002 – 2004 war Tom Kirschey, von 2004 – 2014 war Torsten Hauschild vom NABU Landesverband Berlin, von 2014 – 2016 war Kristian Klöckner vom NABU Landesverband Berlin, von 2016 – 2018 war Gudrun Rademacher von der Schutzgemeinschaft Deutscher Wald Berlin und seit 2018 ist Andrea Gerbode vom BUND Landesverband Berlin in dieser Funktion tätig.