Die BLN wird von einem ehrenamtlichen tätigen Vorstand, dem Vertreter der Mitgliedsverbände angehören, geleitet.
1. Vorsitzende: Andrea Gerbode (BUND)
Gabriele Gutzmann (NaturFreunde Berlin)
Tilmann Heuser (BUND)
Uwe Hiksch (Naturfreunde)
Ulrike Kielhorn (NABU)
Claudia Kapfer (Grüne Liga)
Michael Matthei (Landesverband Berlin der Gartenfreunde)
Den Vorsitz hatte von Juli 1994 bis 2002 Jens Redlich von der GRÜNEn LIGA, von 2002 – 2004 war Tom Kirschey, von 2004 – 2014 war Torsten Hauschild vom Naturschutzbund Berlin, von 2014 – 2016 war Kristian Klöckner vom Naturschutzbund Berlin, von 2016 – 2018 war Gudrun Rademacher von der Schutzgemeinschaft Deutscher Wald Berlin und seit 2018 ist Andrea Gerbode vom BUND Berlin in dieser Funktion tätig.