Die Gründungsveranstaltung der Berliner Landesarbeitsgemeinschaft Naturschutz fand am 12. Dezember 1979 statt. Anlass war der geplante Bau eines Kraftwerkes am Oberjägerweg im Spandauer Forst. Die bisher allein agierenden anerkannten Naturschutzverbände sollten künftig ihre Stellungnahmen zu naturschutzfachlichen Themen bündeln und gemeinsam abgeben. Die BLN wurde als Koordinierungsstelle gegründet.
In den Folgejahren wurde die BLN in das Vereinsregister eingetragen und nach dem Berliner Naturschutzgesetz anerkannt.
Erster Vorsitzender wurde Dr. Klaus Witt vom NABU, ihm folgte der dem Volksbund Naturschutz angehörende Heinrich Weiß, der in diesem Jahr verstorben ist. Seit der Wahl im vorigen Jahr ist Andrea Gerbode vom BUND Vorsitzende.
Zunächst wurde die BLN durch eine Projektförderung und später durch eine institutionelle Förderung finanziert, die die Anstellung eines Geschäftsführers und einer Bürokraft sowie die Anmietung einer Geschäftsstelle ermöglichte.
Erster Geschäftsführer wurde von 1984 – 1993 Johannes Schwarz, ihm folgte seit 1993 Manfred Schubert. Petra Schädler ist seit 1990 als Bürokraft tätig. Auf Grund einer deutlichen Erhöhung der institutionellen Förderung konnte ab September 2018 zusätzlich die Stelle einer Naturschutzreferentin geschaffen werden, die mit Antje Stavorinus besetzt wurde.
Die Arbeit der BLN wurde in den vergangenen 40 Jahren stets durch Mitarbeiterinnen aus verschiedenen Programmen wie z.B. aus ABM und Bundesfreiwilligendienst unterstützt. Viele der ehemaligen Mitarbeiterinnen oder Praktikantin*innen haben nach der Zeit bei der BLN ihren Weg in die Berliner Verwaltung oder in Planungsbüros gefunden.
Zunächst wurde ein Ladenbüro in der Abbestraße 13 in Berlin-Charlottenburg bezogen. Später erfolgte der Umzug der BLN-Geschäftsstelle zur Stiftung Naturschutz, zunächst in die Potsdamer Str. 65, dann in die Potsdamer Str. 68.
Bis zur Wende lag der Schwerpunkt der Arbeit auf der Auseinandersetzung mit Infrastrukturmaßnahmen wie dem geplanten Bau des Kraftwerkes am Oberjägerweg, Schutzgebietsausweisungen, Landschaftsplänen und Eingriffen im Außenbereich.
Seit der Wende 1989 / 1990 rückten vor allem einstweilige Unterschutzstellungen von in der ehemaligen DDR ausgewiesenen Naturschutzgebieten sowie die Modernisierung und der Neubau von Infrastruktur wie die Verlängerung der Autobahn und der Neubau von Stadtstraßen, die Instandsetzung von Eisenbahntrassen und das Projekt 17 in den Vordergrund.
Vom Umfang der Unterlagen her waren die beiden größten Vorhaben der realisierte Straßen-, Eisenbahn- und U-Bahn-Tunnel im Tiergarten sowie der vor der Fertigstellung befindliche Flughafen BER.
Die Novellierungen von Fachgesetzen wie die des Naturschutzgesetzes und anderer Gesetze oder die Erarbeitung des Landschaftsprogramms spielten über die Jahre immer eine besondere Rolle.
In den letzten Jahren kam zu den klassischen Beteiligungsverfahren zeitliche umfänglichere und in der Durchführung veränderte Verfahren hinzu wie die Planung der IGA Berlin 2017, des Spreeparks und der Mitwirkung am Prozess der Erarbeitung der Charta Stadtgrün und des Ökokontos. Die Beteiligung der Verbände erfolgt bei diesen Verfahren vor allem durch die Mitarbeit in planungsbegleitenden Workshops, Planungssitzungen und Arbeitsgruppen zusammen mit der Verwaltung.
Die „Wachsende Stadt“ hat sich in den letzten vier Jahren vor allem auf die Anzahl der Befreiungen und Ausnahmegenehmigungen für Gebäudebrüter und Zauneidechsenumsetzungen und der zu bearbeitenden Bebauungspläne ausgewirkt.
In wenigen Ausnahmen wurden Verbandsklagen wie bspw. gegen den Tiergartentunnel, die Genehmigung eines Steges im Müggelsee oder den Ausbau des Teufelsseekanals geführt.
Seit 2013 wurde – initiiert vom Unabhängigen Institut für Umweltfragen (UfU) und zusammen mit dem Landesbüro der anerkannten Naturschutzverbände Brandenburg in Potsdam und dem Landesbüro Naturschutz Niedersachsen in Hannover – die Online Beteiligungsplattform für registrierte Mitglieder in den Mitgliedsverbänden der BLN eingerichtet. Hier werden alle laufenden Verfahren mit Dokumenten zugänglich gemacht. Die öffentlichen Verfahren können auch für nicht registrierte Bürger*innen – allerdings ohne die Unterlagen – eingesehen werden.